L’édifice primitif, détruit en 1209, fut  remplacé au XIII° siècle par la construction actuelle : bel édifice, nef unique et triple chevet voûtés d’ogives. L’insécurité du lieu, hors remparts, oblige réduire le nombre de fenêtres, d’où une église très sombre.

Au sud, de grandes arcades du couvent subsistent sous forme de baptistère et de presbytère.

La nef et le mur méridional s’effondrent au XVI° siècle (guerres de religion). Au début du XVII° siècle, la paix reconquise, Nissan restaure l’église bénédictine, qui devient paroissiale. Rendue au culte, la nef est recouverte d’un plafond. Le clocher se présente sous la forme d’une importante tour carrée surmontée d’une élégante flèche pyramidale en pierre et de son échauguette. Un cartouche  porte « LANIMDCXXX « (1630).

Vers 1850, on construit les chapelles latérales voûtées de briques, la sacristie au sud, la voûte du porche, on perce le mur du fond  et on édifie une salle (sacristie) à l’Ouest, qui servira de baptistère. on dresse une vaste tribune, sur une arcade audacieuse, inspirée de Viollet le Duc.

Le bâtiment se développe à l’ouest, dans l’axe de l’église. Les murs portent sur des piliers qui, au nord et au sud, servent d’appui à 3 grandes  arcades en arc brisé. On remarque tout le long de la façade des traces d’embouts et de chevrons destinés à soutenir le plancher d’une galerie extérieure (étage supérieur d’un cloître au- dessus de la cour du presbytère).

Le cimetière, au sud, change de place, on crée le Plan de l’église avec un escalier monumental.

En 1950, les couches de peinture, qui encrassaient le beau portail d’entrée, chef d’oeuvre du XVII° siècle, tombent.

L’église abrite des œuvres d’art, parmi lesquelles les fonts baptismaux, à l’ouest, une table d’autel wisigothique et une table d’autel carolingienne à lobes. Sur le mur sud-est du transept, est préservée la fresque du Couronnement de la Vierge avec des anges musiciens (XIV° siècle). La voûte porte la trace des symboles des quatre évangélistes, en partie effacés. Les orgues (1834) de Prosper Moitessier, sont classées MH depuis 1984. Elles proviennent de la chapelle des Visitandines de Montpellier. Détériorées et vidées d’une partie de leur tuyauterie, elles ont été transférées à Nissan et partiellement complétées en 1965. Le grand corps,  doté de joues ornementales, est d’une structure classique, mais la décoration utilise des éléments Empire (palmettes), Louis-Philippe et déjà néo-gothique (clochetons couronnant des tourelles).

Les pièces d’art sacré de l’église sont protégées (statues, ornements et pièces anciennes). La statue de Notre Dame de la miséricorde (XIV° siècle), de style bourguignon, dans la chapelle des moines, transportée de l’ermitage (retable  volé), a été modifiée dans le style du XVIII° siècle ; le déhanché avec l’enfant Jésus sur le côté a été gardé. Des 7 couches de peinture, 2 subsistent. Les couleurs sont de style Moyen Age, la tête qui regarde les gens de style baroque.